北京数次清理过小产权房，表面原因是小产权房与现行法律规章不匹配，根本原因是小产权房将彻底淆乱现在的房地产价格体系。目前的房价中很大一块是土地溢价，小产权房之所以比周边房价便宜三分之一甚至一半，就是因为去除了土地国有化的成本，与土地交易过程中的大幅溢价。据统计，从1998年以来中国已销售新建商品房近100亿平米，即1亿套左右，还有60多亿平米在城镇边缘的农村土地和工业用地上建的小产权房（此数据基于住建部的统计），即6000万套小产权房，按100平米3口人算，这些可供新增城镇人口近5亿人居住。

任志强先生表示，北京市小产权房约占北京市场楼盘总量的20%左右。“十一五”时期北京市小产权房竣工面积接近400万平方米，相当于同期城镇住宅竣工面积的4.3％，而价格仅为北京临近地段商品房价格的25％-30％左右。即使只占商品房问题8％，小产权房若以现行商品房30％的价格进入市场，会对现有的商品房定价造成巨大的冲击，房地产、金融、地方财政瞬间垮塌。

明智的人会认识到，想维持房地产市场的正常运行，小产权房入市，绝对不会以现行的价格入市，而会进行土地价格补偿，补偿金额成为关键。如果补偿额高到与目前商品房市场价持平，小产权房就会失去价格优势。

南京小产权房小区七彩星城小区项目单位于2007年8月办理了土地征用手续，2010年11月申请办理土地出让手续，目前经南京市政府批准，按规定补缴了7000余万元土地出让金，取得了国有土地使用证。南京小产权房转性事件中，是开发商拿出了7000余万元填平“缺口”，而其他小产权房，建造的村集体、购房的各色人等，未必肯拿出几百万元为土地转性。